Die Arbeit der AWE folgt einem jährlich unter den Mitgliedern abgestimmten Arbeitsprogramm. Das aktuelle AWE-Arbeitsprogramm für den Zeitraum 2022 bis 2023 finden sie hier.
Zu den wichtigsten Aktivitäten zählt die Mitarbeit in den verschiedenen Arbeitsgruppen der Internationalen Kommission zum Schutz der Elbe (IKSE) sowie die Abstimmung und gemeinsame Interessenvertretung mit den Arbeitsgemeinschaften anderer großer Flussgebiete wie Rhein oder Donau (ERM-Koalition).
Zur Grundlagenarbeit gehört die Erfassung von Messdaten. Die von allen AWE-Mitgliedern gemeinsam aufgestellten Überwachungsprogramme umfassen derzeit ein Grund- und ein Sondermessprogramm, die jährlich aktualisiert werden.
Das Grundmessprogramm enthält chemisch-physikalische, mikrobiologische Wasserparameter und organische Summenstoffe, die in wöchentlichen bzw. monatlichen Zyklen untersucht werden.
Das Sondermessprogramm umfasst hauptsächlich organische Spurenstoffe, die durch menschlichen Einfluss in die Fließgewässer gelangt sind. Hier werden 2 bis 6 Messungen pro Jahr durchgeführt.
Jedes Mitgliedsunternehmen führt die Untersuchungen in eigener Verantwortung durch. Die Ergebnisse werden jährlich in einem Bericht zur „Bewertung der Qualität von Fließgewässern unter dem Gesichtspunkt der Trinkwasseraufbereitung" zusammengefasst und ausgewertet.